Вы смотрите на публичную карту Росреестра и видите старые участки? 

Кадастровый инженер тут не при чем! 

Что сделать, чтобы исходные участки не отображались на публичной карте и не фигурировали в выписке из ЕГРН как пересечение? 

Пишем на сайте Росреестра во вкладке "Обращение граждан" заявление такого содержания: 

Прошу заархивировать земельные участки с кадастровыми номерами.....Поскольку данные номера вошли в состав нового земельного участка с кадастровым номером.....путем объединения. А также исключить сведения о границах таких участках из сведений ПКК. 

ссылка на услугу: https://rosreestr.gov.ru